تعتبر الجمعية العمومية السلطة العليا في مؤسسة التعاون، وتضم 133 عضواً يشكلون نخبة من الشخصيات الاقتصادية والفكرية الفلسطينية والعربية، و70عضواً من أصدقاء مؤسسة التعاون. تعقد الجمعية اجتماعاً سنوياً لمراجعة عمل المؤسسة وإقرار استراتيجياتها وخططها وميزانيتها.
أما مجلس الإدارة، فيتكون من 11 عضوا تنتخبه الجمعية العمومية كل ثلاث سنوات، ويعمل على صياغة سياسات واستراتيجيات المؤسسة ومراجعة أدائها.
يشرف مجلس الإدارة على أنشطة المؤسسة من خلال لجان دائمة يتم إنتخاب رؤسائِها من أعضاء الجمعية العمومية، وتشمل لجنة التدقيق والامتثال، لجنة الاستثمار والوقفية، ولجنة الحاكمية والعضوية والترشيحات. إضافة إلى فرق عمل متخصصة.
